за версию (и прочие ключи) отвечает файл Info.plist, конкретно поле CFBundleShortVersionString. Например, можно перед вызовом macdeployqt прописать нужную версию:
/usr/libexec/PlistBuddy -c "Set :CFBundleShortVersionString $myVersion" MyApp.app/Contents/Info.plist