Можно использовать несколько вершинных шейдеров и линковать их с одним и тем же (или разными) фрагментным шейдером. Таким образом получается шейдерная программа. Имея набор шейдерных программ (а может и не набор, а всего 1 программу) можно с их помощью рисовать примитивы с помощью вершин, которые подаются для отрисовки. Например, мы можем прикрутить (bind) шейдерную программу 1 и вызвать функцию рисования квадратов, которые формируют куб постоянного цвета (который задаётся с помощью uniform), а затем прикрутить шейдерную программу 2 и нарисовать с её помощью сферу с переливающимися цветами (тут уже атрибутом задаётся цвет каждой вершины).

Вроде, никак.

Пользуюсь Qt 5. Ниразу не вызывал эту функцию. В основном задаю в коде шейдера
Насчёт правильности моих действий не уверен, но это работает.
Наверное, setVersion не позволяет вызывать gl функции старших версий opengl.

Есть тема с выполнением примеров из SuperBible на Qt5 и шейдерах. Возможно, будет полезной.

Кажется, обычно записывают в gl_Position преобразованную вершину с помощью матриц проекции и представления. Далее она будет помножена на матрицу вьюпорта (если не произойдёт её отсечение при наличии координаты по модулю, превышающей 1.0f), что преобразует её в экранную координату.
Тут пример того, как это преобразование происходит.

Для каждой вершины задавать атрибут цвета, который должен поставляться к каждой вершине.

Да, in out зависят от версии, а версия может не всеми железками поддерживаться. Попробуйте поднять. Если нет поддержки железом, то в консоль программы выведется ошибка компиляции шейдера.

Было бы неплохо приводить лог ошибки.

Для упрощения себе жизни можете писать шейдеры в отдельных файлах, которые хранятся в ресурсах, а на компиляцию подавать их с помощью
bool QGLShader::compileSourceFile ( const QString & fileName )

Есть же QMatrix4x4 с методами rotate. Множество удобных функций glu и glut есть и в qt. Рисовать массивами быстрее, чем по одной вершине передавать в gpu. Да и объект ваш наверняка есть набор вершин. Грамотно составив архитектуру вы получите вполне читаемый код.
Более того, вроде, все перечисленные здесь deprecated функции никто не запрещает использовать по сей день.

Правильным считается не передавать данные на видеоадаптеру каждый раз при отрисовке (так как это достаточно накладно при большом объеме данных), а формировать массивы сразу на стороне видеоадаптера в виде массивов и вызывать методы видеоадаптера для их обработки.

Рисуются (рендеятся) не вертексы сами по себе, а примитивы, часто говорят "фейсы", это общее название как для полигонов, так и для точек и линий. Тип примитива обязательно указывается, см напр аргумент glBegin

Если Вы хотите что-то порисовать "как на плоскости", то нужно вывести пр-к (хотя бы с помощью того же glBegn/glEnd) так чтобы он покрывал весь экран (см glOrtho). В вертексном шейдере сделать стандартное умножение на матрицу MVP  (это есть в любом примере), а цветом заниматься уже в фрагментном. Или можно задать цвет в каждом вертексе и передать его в фрагментный с помощью varying

[off]
Ну что же Вы "великий GPU" опустили до "видеадаптера"?   Хотя конечно правильно, железяка и есть железяка [off]

Чтобы жизнь мёдом не казалась . Вроде в OpenGL матрица не обязательно по столбцам располагается должна: 9.005 Are OpenGL matrices column-major or row-major?. Важнее, чтобы в нужных местах одинаково было.