а что такое проводник в линуксе последнем ?

>>чтобы навигация по проектам была в Qt
Я так понимаю под Qt ты понимаешь QtCreator, а проект (дерево) тебе досталось от кого-то.

А) Вероятнее всего есть головной pro-файл, в котором указан тип проекта "SUBDIRS" (TEMPLATE = subdirs) и перечислены каталоги подпроектов. Чтобы в таком дереве удалять подпроекты, нужно в головном pro-файле удялть соответсвующие каталоги в переменной "SUBDIRS".

Б) Чтобы не было связей но была навигация в Креаторе, достаточно в креаторе открыть каждый подпроект отдельно (не открывая корневой), а панель навигации креатора переключить в режим файловой системы и шариться по файловой системе (1-ый скриншот).

В) Ещё вариант: оставить связи (чтобы зависимые проекты перекопилировались когда надо), но не использовать корневой pro-файл. Сделать как в пункте Б, зайти в настройки каждого проекта (2-ой скриншот) и настроить зависимость.