Неск лет назад это делал, спрашивал здесь же (рез-т тот же). Очень близко к "сравнению исходников". Долго разрывать, что (смутно) помню: сначала оба массива поделить на "блоки", псевдокод

C++ (Qt)
struct Block {
 int beg, end;  // первый и последний эл-ты
 int match;   // индекс блока с тем же содержимым для 2-го массива (или -1 если такого нет)
};
 

После этого все сразу "ложится"

Пусть есть массивы/контейнеры A и B и текущие позиции i для A и j для B. Тогда

- если A[ i ] == B[ j ] то наращиваем совпадающий блок до упора

- иначе ищем первое совпадение в противоположном массиве (в B для A[ i ] и в А для B[ j ]). Напр оказалось A[ i ] == B[ j + 5 ]. Это значит мы нашли решение при котором не совпало 5 эл-тов. Пытаемся улучшить его повторив поиск для A[ i + 1 ]....A[ i + 4 ]. Напр если A[ i + 1 ] == B[ j ], то всего 1 эл-т не совпал. Ну дальше "дело техники" оформить это рекурсией

Если взять все возможные варианты, количество ошибок при этом может возрасти многократно. Достаточно добавить три четыре повторяющихся последовательности перед уже имеющейся и получает что первая будет принята за истинную, оставшиеся за добавленные. Ну и тому подобное.

Я извиняюсь, что влажу, но постановка задачи очень сильно напомнила вот такую штуку
Может быть поможет.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B0%D1%81%D1%81%D1%82%D0%BE%D1%8F%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%9B%D0%B5%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D1%88%D1%82%D0%B5%D0%B9%D0%BD%D0%B0