Можно сделать из проектов Solutions и собрать Solutions. Там в Batch Builde будет указано, что собрать можно. Можно создать свою конфигурацию и собирать ее. Это все для Solutions. Тут же можно указать зависимости, т.е. если один проект без другого не собирается, то его надо собрать после того, как будет собран необходимый.