Вот код Qt по удалению таймера
void QObject::killTimer(int id)
{
    Q_D(QObject);
    if (d->threadData->eventDispatcher)
        d->threadData->eventDispatcher->unregisterTimer(id);
}
А вот функция приватного диспачера для винды
void QEventDispatcherWin32Private::unregisterTimer(WinTimerInfo *t, bool closingDown)
{
    // mark timer as unused
    if (!QObjectPrivate::get(t->obj)->inThreadChangeEvent && !closingDown)
        QAbstractEventDispatcherPrivate::releaseTimerId(t->timerId);
    if (t->interval == 0) {
        QCoreApplicationPrivate::removePostedTimerEvent(t->dispatcher, t->timerId);
    } else if (t->fastTimerId != 0) {
        qtimeKillEvent(t->fastTimerId);
        QCoreApplicationPrivate::removePostedTimerEvent(t->dispatcher, t->timerId);
    } else if (internalHwnd) {
        KillTimer(internalHwnd, t->timerId);
    }
    delete t;
}
Думаю строчки 
  QCoreApplicationPrivate::removePostedTimerEvent(t->dispatcher, t->timerId);
говорят сами за себя. Все ивенты должны удалятся