В документации по QT сказано, что GUI классы можно использовать только в "главном" потоке.

Не знает ли кто почему так сделано?

Не знаю как происходит работа с GUI  в UNIX и LINUX подобных системах, но в Windows GUI объекты можно создавать в любом потоке.

У меня большой проект написанный на MFC под Windows и я хочу перевести его на QT. И в нем есть несколько потоков с GUI объектами(окнами и т.д.).

насколько мне известно это ограничения X-сервера, ну не понимает он ассинхронные запросы от разных потоков.
В свое время пыталась написать многопоточное приложение в котором из разных потоков были обращения к иксам, никакая синхронизация ему не помогла, прога работала очень нестабильно. Если кто-нибудь знает как решить проблему будеть очень интересно узнать.