Можно через переопределение метода Paint в QItemDelegate.
Вот, например, как устанавливается выравнивание по середине у 1-го столбца:
class RealCurItemDelegate : public QItemDelegate
{
public:
	RealCurItemDelegate(QObject* parent = 0)
		: QItemDelegate (parent) { } 
	void paint ( QPainter * painter, const QStyleOptionViewItem & option, const QModelIndex & index ) const
	{
		QStyleOptionViewItem opt = option;
		if ((index.isValid()) && (index.column() == 1))
			opt.displayAlignment = Qt::AlignCenter;
		QItemDelegate::paint(painter, opt, index);
	}
};
.....
tableWidget->setItemDelegate(new RealCurItemDelegate(this));
.....