Либо в .rc/.pro что-то не так прописали, либо иконка не там лежит.
Приводите больше данных.
В pro_file подключал такими способами:
win32:RC_FILE += $$PWD/icon.rc
и
Пробовал и без $$PWD, разницы никакой.
В rc.ico пробовал писать с пробелами:
IDI_ICON1 ICON DISCARDABLE "program.ico"
и без:
IDI_ICON1 ICON DISCARDABLE "program.ico"
тоже никакого эффекта.
И файл ресурса, и иконку клал рядом с основным файлом проекта. Предупреждение, о котором Вы упомянули, считаю именно результатом не создания o-файла для ресурса иконки, возможно я и неправ...
Привести еще какие-то данные?