написать make файл ?

Конечно есть. Это linux.

shell + небольшие утилиты + пайпы = то что тебе нужно.
те же самые пайпы практически с тем же синтаксисом есть и под виндой

А вообще: QProcess + набор утилиток
или как предлагает уважаемый BRE набор утилит+shell скрипты, будет даже кроссплатформенно.