Ты не написал, какой версией КуТе пользуешься.
Так что вот тебе общий совет.
В про-файле ты можешь определить, содержит ли переменная CONFIG - console. Для этого есть специальная функция, которая используется только в файле проекта - contains. Вот ее некоторый пример из Assistant:
  contains( drivers, network ) {
      # drivers contains 'network'
      message( "Configuring for network build..." )
      HEADERS += network.h
      SOURCES += network.cpp
  }Так что ты можешь таким же образом ее использовать для уже упоминавшейся проверки:
  contains( CONFIG, console ) {
      # CONFIG contains 'console'
      message( "Configuring for console build..." )
      DEFINES +=  CURRENT_BUILD_FOR_CONSOLE
  }По поводу переменной:
DEFINESqmake adds the values of this variable as compiler C preprocessor macros (-D option).
For example: DEFINES += USE_MY_STUFF QT_DLL
Ну, а делее сам уже знаешь: 
#ifndef CURRENT_BUILD_FOR_CONSOLE 
... 
#else
или 
#ifdef CURRENT_BUILD_FOR_CONSOLE  
...
#else
Сам через файл проекта не проверял , но через ключи компилеру это точно работает. А судя по хелпу в Асистенте - это то же самое.