Когда для QComboBox задан верхний паддинг (padding-top) то у попапа почему то появляются верхний и нижний паддинги.
Любой другой паддинг на это не влияет.

Никак не удалось убрать эти лишние паддинги или хотя бы задать им нужный фон.

Очень похоже на баг в Qt.

Кто сталкивался может?

Вот минимальный пример, для воспроизведения.
Во вложении картинка, как это выглядит.
OS Ubuntu 16.04, Qt 5.5.1

C++ (Qt)
#include <QApplication>
#include <QComboBox>
 
int main(int argc, char *argv[])
{
    QApplication app(argc, argv);
 
    QWidget w;
    w.resize(200, 200);
    QComboBox cb(&w);
 
    cb.setFixedSize(120, 60);
    cb.addItems({"1", "2", "3", "4", "5"});
    cb.setStyleSheet(R"(
QComboBox {
    padding-top: 20;
}
    )");
 
    w.show();
 
    return app.exec();
}