На обратный слеш под виндами пробовали менять? А вообще использовать cd в скриптах pro-файла как-то неправильно имхо. Нигде не прописано, будет он для каждого системного вызова использовать текущую сессию или каждый раз новую создавать.
[/quote
Слеш я написал не верно, он по факту другой. Я выводил путь этой директории и прямо с консоли делал cd path , все работает, а вот почему-то при вызове system не работает