Работаю в Линуксе, Qt 4.5.3
Допустим, у нас на форме есть кнопка-выключатель и некий слот, обрабатывающий ее нажатие/отжатие.

connect(ui->checkableButton, SIGNAL(clicked(bool)), this, SLOT(slotButtonClicked(bool)));

В этом случае, если нажать кнопку на форме - сигнал проходит. Но если в каком-нибудь методе выполнить ui->checkableButton->setChecked(true/false), то сигнал не проходит. Конечно, в программе можно сразу же за этим вызвать слот slotButtonClicked, но такое не всегда удобно.
Есть ли решение проблемы? )

В документации чётко написано:

void QAbstractButton::clicked ( bool checked = false ) [signal]

This signal is emitted when the button is activated (i.e. pressed down then released while the mouse cursor is inside the button), when the shortcut key is typed, or when click() or animateClick() is called. Notably, this signal is not emitted if you call setDown(), setChecked() or toggle().

Т.е. после setChecked() сигнал не вызывается. => Вызываем сами.