Я бы вам идею подрезал, ооох как подрезал

Начнём - убираем две программы, оставляем одну.

Второе - добавляем 2 пункта в контекстное меню проводника с разными параметрами коммандной строки.

Третье - вместо гипотетического файла пишем данные в реестр/файл настроек вашей программы.

Что имеем? Одна программа с разной обработкой коммандных строк. Одна обработка записывает строку в реестр/файл. Вторая копирует файло.

Вот и всё. К тому же насколько я помню - в параметры командной строки при вызове контекстного меню вся нужная информация передаётся. Начиная от текущего каталога и заканчивая файлом на котором щёлкнули.

Как говорится - зачем 2 программы? достаточно и одной как бы А уже внутри одной можно творить всё что угодно.

Это было бы кстати, но вот как это сделать?
Bepec, если я правильно понял, предложил передавать путь в качестве входного аргумента, но так, к сожалению, сделать не получится.

Кхм. Пара слабых моментов у вас, AlphaGh0st.
1) Изменения в реестре в разделе настроек программ, НЕ требуют прав админа. Права нужны только для системных секций.
2) У вас программа копирования может единомоментно менять место копирования файлов? Т.е. полфильма на старый флаг, полфильма на новый (фильм для примера).
3) У вас цель конечная какая? КОНЕЧНАЯ. Не "две программы бла бла бла", а "приложение, которое копирует файлы из папки пользователя в папку с указанным флагом непрерывно 24 часа в сутки, отрывая кусок за куском у исходных файлов и кладя их в папку с флагом."
4) Озвучьте наконец свою идею блин. Результат, который сделает вас создателем гениальной программы.

Зачем связываться с временными файлами и быть зависимым от платформы? Да и циклическая проверка а не изменился ли файл хорошего впечатления не производит

Да, собственно, ничего гениального здесь нет.
Программа копирования файлов. Через контекстное меню пользователь устанавливает флаг. В самой программе копирования есть очередь копирования, после установки флага, пользователь добавляет в эту очередь файлы и они копируются туда, где установлен флаг.

Если в процессе копирования флаг изменился, то копируемый файл будет докопирован по старому пути, а все последующие файлы будут копироваться по новому пути.

Работать программа будет столько, сколько потребуется пользователю. Пользователь может за 5 минут скопировать нужные файлы и закрыть программу. А может копировать их часами.

не уверен, что этот метод подойдёт, т.к. при каждой новой установке флага, программа копирования будет запускаться заново.
а это значит, что придётся добавлять файлы в очередь копирования заново.

...хм...возможно, я чего-то не понял, но почему появляется зависимость от платформы?
файлик хранится во временной директории, путь к которой извлекается из переменной окружения TMP.
в Винде эта переменная укажет один путь, а в Линуксе - другой.

согласен

с чего вдруг она будет запускаться заново, если QtSingleApplication не даст новой копии появиться, а существующая сделает что надо с пришедшим путём?

я всё равно не понимаю зачем в данном случае нужно 2 приложения