Конечно, тема старая, но добавлю сюда...
https://bugreports.qt-project.org/browse/QTBUG-31762Полагают, что проблема с тем что ОС на GTK+ при выводе иконок в трей предлагается использовать GLIB, а не D-Bus, как это делает Qt.
Надеюсь, кому-то поможет...