Да, так и надо делать. Ручной апдейт там легко делается (я делал) - надо дергать слот какой-то (типа обновиДир(QString), к-ый дергается вотчером.
Тема умерла, а вопрос для меня стал актуален!
Можно поподробнее, как вручную обновить QFileSystemModel?
Создаю 
model в конструкторе:
    model = new QFileSystemModel(this);
    model->setFilter(QDir::AllEntries);
    model->setRootPath("");
    ui->listView->setModel(model);
Затем, обрабатываю клики:
void TWgtFileList::on_listView_clicked(const QModelIndex &index)
{
    QFileInfo fileInfo = model->fileInfo(index);
    if (fileInfo.fileName() == "..")
    {
        QDir dir = fileInfo.dir();
        dir.cdUp();
        ui->listView->setRootIndex(model->index(dir.absolutePath()));
        ui->lblPath->setText(model->filePath(ui->listView->rootIndex()));
    }
    else if (fileInfo.fileName() == ".")
    {
        ui->listView->setRootIndex(model->index(""));
        ui->lblPath->setText(model->filePath(ui->listView->rootIndex()));
    }
    else if (fileInfo.isDir())
    {
        QString str = model->filePath(ui->listView->rootIndex());
        ui->listView->setRootIndex(index);
        ui->lblPath->setText(str);
    }
    else if (fileInfo.isFile())
        fName = fileInfo.absoluteFilePath();
}
Если одновременно записать файл в сетевую папку, она в модели не обновляется. Что надо "дёрнуть"?