Я бы рекомендовал создавать QSettings файл следующим образом:
C++ (Qt)
QSettings setting(QSettings::IniFormat,QSettings::UserScope,
QCoreApplication::organizationName(),QCoreApplication::applicationName());
В данном случае будет создан ini-файл в пользовательской директории, как в Windows, так и в Linux (в других ос также).
А в реестр писать нежелательно, он и так обычно сильно засоренный.