X-сервер посылает XEvent с type=22, что означает ConfigureNotify. Почему Qt интерпретирует его как "resize event" (в translateConfigEvent) и восстанавливает размер окна??!! Думаю, что схожая ситуация происходит в Windows, нужно там тоже посмотреть стек.
Стек прилагается:C++ (Qt)
0	KMyWindow::resizeEvent	KMyWindow.cpp	82	0x4a6649	
1	QWidget::event	qwidget.cpp	8449	0x7ffff4e82d82	
2	QMainWindow::event	qmainwindow.cpp	1478	0x7ffff524cb5b	
3	QApplicationPrivate::notify_helper	qapplication.cpp	4481	0x7ffff4e31234	
4	QApplication::notify	qapplication.cpp	4360	0x7ffff4e397ca	
5	QCoreApplication::notifyInternal	qcoreapplication.cpp	787	0x7ffff45fd99c	
6	sendSpontaneousEvent	qcoreapplication.h	218	0x7ffff4ea1233	
7	QETWidget::translateConfigEvent	qapplication_x11.cpp	5338	0x7ffff4ea1233	
8	QApplication::x11ProcessEvent	qapplication_x11.cpp	3492	0x7ffff4eafa3b	
9	x11EventSourceDispatch	qguieventdispatcher_glib.cpp	146	0x7ffff4ed75c2	
10	g_main_context_dispatch	/usr/lib64/libglib-2.0.so.0	0	0x7ffff31c0a93	
11	??	/usr/lib64/libglib-2.0.so.0	0	0x7ffff31c1270	
12	g_main_context_iteration	/usr/lib64/libglib-2.0.so.0	0	0x7ffff31c1510	
13	QEventDispatcherGlib::processEvents	qeventdispatcher_glib.cpp	422	0x7ffff46286ef	
14	QGuiEventDispatcherGlib::processEvents	qguieventdispatcher_glib.cpp	204	0x7ffff4ed725e	
15	QEventLoop::processEvents	qeventloop.cpp	149	0x7ffff45fcdd2	
16	QEventLoop::exec	qeventloop.cpp	201	0x7ffff45fcfe5	
17	QCoreApplication::exec	qcoreapplication.cpp	1064	0x7ffff460144b	
18	KMyApplication::exec	timedoctor_application.h	89	0x4df871	
19	main	main.cpp	48	0x4df556