...переопределив методы setData и flags,  могу ли я делать это в QSqlRelationalTbaleModel
Эти методы расположены в public секции, поэтому ты можешь их переопределить в наследнике QSqlRelationalTableModel.
но в этом классе эти методы уже не абстрактные, они там определены определенным образом, зачем же я их буду переопределять, разве это правильно??  а вдруг там чтото отвалится после этого??