Нужно в том потоке создавать динамически экземпляр модели.
В методе инициализации окна:
connect(ссылка_на_объект_класса_потока_работающего_с_БД, SIGNAL(resultReady(QSqlQueryModel*)), this, SLOT(completeModel(QSqlQueryModel*)));
В определение класса, который работает с БД:
  QSqlQueryModel *model;
В методе run():
  model = new QSqlQueryModel();
  model->setQuery(qry, db);
  emit resultReady(this->model);
Это решение вашей проблемы. Но, есть в этом подводный камень, иногда выносит ошибку во время присвоения модели в QTableView. Пока в поисках, как это сделать правильно