Приветствую. Имею несчастье работать с МСВС и наткнулся на эту же проблему. Поэксперементировал и выяснил, что проблема проявляется только если сделать у QMainWindow setMenuBar. Или если создать QMenuBar и потом установить его в качестве setMenuWidget. Но можно костыльнуть и обойти проблему - создать QMenuBar, положить его на QWidget и уже этот QWidget подсунуть в setMenuWidget, тогда проблема не проявляется.

P.S.
Я понимаю, что этот вопрос уже не актуален, но вдруг кто то как и я будет гуглить такую проблему и наткнётся на это обсуждение.